Спасибо за ответы. Проблема решилась очень просто.
Надо было в файле rc.local, прежде чем запускать программу, перейти в директорию с ней.

Так что с программой, которая должна запускаться 1 раз, решено.
Появилась другая проблема.
Есть 3 сервера, которые хотелось бы запускать одним скриптом.
Мне удалось это сделать так:
#!bin/sh
(запуск сервера1)&
sleep 2
(запуск сервера2)&
sleep 2
запуск сервера3
Серверы 1 и 2 - консольные, а 3 - гуевый.
Все запускается подряд, как надо, но при закрытии гуевого сервера, консольные остаются висеть и их приходится убивать через системный монитор. Необходимо реализовать также одновременное выключение всех серверов. Может есть у кого идеи?