Мой опыт работы с микроконтроллерами в прошлом говорит следующее.
Ничего лучше IAR для написания программ для мк не видел.
Для Linux его пока нет, кажется.
AVR Studio используется только в начале обучения, а затем уже не требуется.
Глядите на ARM, они уже дешевле авр скоро будут, а по скорости и сравнивать их нечего.
Для программирование микросхем лучше использовать отдельные утилиты, один раз настроенные.