Обрати внимание на каталоги с говорящими названиями /etc/apache2/sites-available и /etc/apache2/sites-enabled. В одном лежат конфиги виртуалхостов а в другом список активных виртуалхостов симлинками на конфиги. Так вот, апач настроен так, что при запросе сайта с неизвестным доменом отдается контент дефолтного виртуалхоста. Попробуй его сначала просто отключить:
sudo a2dissite default
sudo invoke-rc.d apache2 reload