Нельзя. Есть только идея в Ubuntu brainstorm.
Ставить точку в начале имени файла не подойдет, т.к. питон их тогда заново создаст.
.pyc - это модули, переведенные в байт-код (скомпилированные).
В сети есть пара клонов наутилуса (один был двухпанельный). Поищите, попробуйте поставить. Может, там есть возможность отфильтровать показываемые файлы.
Krusader такое точно умеет, равно как и много еще чего. Рекомендую!