Не особо поняла вашу проблему. Если не удаляются папки типа "видео" "документы" "рабочий стол", то вот в xubuntu они появляются, если на них созданы ссылки в gtk. Не знаючто там в gnome, но в thunar достаточно открыть окошко (например щелкнув на домашнюю папку) и поудалять ссылки на папки (в левой части окна). После этого спокойно удаляем папки и они не появляются...