можно, конечно, попробовать ecryptfs замутить, через который оно и сделано. ставим ecryptfs-utils или как там его, читаем маны... я шифрование делал при установке, могу поглядеть нужные конфиги, если решишь заморочиться.
с luks сложнее будет, если у тебя много юзеров. если один - пихай в фстаб. при старте спросит пароль и смонтируется, при выключении отмонтируется, ну и ctrl+alt+L в гноме... можно, конечно, и вовсе извратиться с авторизацией по какой-нибудь флэшке или еще хз как, но это уж на любителя....