1 Да, какой то смысл имеет (у меня вторая система на шифрованном root) Выбрать нельзя...все ручками, пароль не обязательно, можно юзать key-file на USB, к примеру, есть просто пароль, он будет спрошен ДО начала монтирования root раздела (Да, я имею ввиду luks)
2.Зная пароль, проблем не будет, не знаешь, скажи всему пока...если будет сыпаться, проблемы будут такие же как и при обычном разделе (да, снова luks, блочное устройство, и поверх любая ФС) . Да, зная пароль и имея нормальный live-cd можно спокойно смонтировать.
3. Судя по всему, это монтирование каталога средством стандартной утилиты шифрования ubuntu, она шифрует на уровне файлов...если luks, тоже можно через live-cd, но опять, все ручками но там иначе, и в чем то даже проще.