Ну, во-первых, раз уж встал вопрос с пространством на диске, стоит посмотреть есть ли там свободное место, может просто не хватает пространства для нормального запуска, а если ещё и reinstall был, то вообще что-то могло не дораспаковаться.
Во-вторых, учитывая, что что-то удалялось вручную, то не исключено, что упали какие-то зависимости, может apt-get -f install поможет или sudo dpkg --configure -a
Ну и на самый худой конец переустановка gnome.
И ещё, на livejournal интересный вариант есть
В три шага: (входим в консоль Ctrl+Alt+F1. Вводим логин и пароль)
1. Сначала остановим Gnome
yu@yu-desk:~$ sudo stop gdm
2. Далее переименовываем папку с настройками
yu@yu-desk:~$ mv .gconfd .gconfd-old
3. И последним шагом стартуем gnome
yu@yu-desk:~$ sudo start gdm