Я бы для чистоты эксперимента сделал бы так:
1. Из под доса Акронисом удалил Linuxовые разделы, двинул раздел с ntfs в начало диска, запустил виндозу (могут быть проблемы, если на этом диске стоит grub, но можно использовать виндовый LiveCD), удостоверился что все ОК - раздел виден.
2. Повторно установил бы Ubuntu так как положено: в неразмеченном пространстве создать расширенный раздел (extended если не ошибаюсь) и смонтировать там не только swap, а все что нужно для нормальной работы: и корень, и home, и swap