если пользовались например nautilus из-под рута для нахождения и удаления файлов, то предполагаю файлы были перемещены в корзину рута, искать где-то тут /root/..... а если удаляли из терминала командой rm то файлы уничтожены, их можно восстановить спец утилитами, если не было ничего записано после поверх этих файлов на жесткий диск