Такая же проблема.
Файловый сервер CPU Cel-600 M, 2GB RAM, Swap не использую, система стоит на CF - 4 GB, + LVM - 3 HDD по 1,5 TB.
С охлаждением все продуманно - проц максимум 48 градусов, минимум 47. Жесткие тоже охлаждаются.
Стоит apache, samba, torrentflux, proftpd. Загрузка обычно не превышает 0,7-0,8, если только 100 торентов не запустить - тогда почти 1,0.
Проблема возникла только на Ubuntu server 10.04, на предидущих версиях - 9.10, 9.04 и т.д. месяцами работал почти на 100 процентной нагрузке и бес проблем. А 10.04, 10.04.1 сутки - двое и все. при этом если подключить моник, то на нем бегут строчки и ни чего не понятно. Думаю не вернуться ли опять на 9.10.