Если проект - не консольное приложение из учебника по программированию, то компилировать придется, еще и все библиотеки, которое оно использует. По теории, должно происходить автоматически, на практике, чувствую, именно тут будет самое веселье.
Ах да, для начала пропатчить и перекомпилировать сам FreePascal. В качестве бонуса - ловить все глюки и ошибки несовместимости в написанных не тобой модулях. По-моему, очень познавательно и интересно, но если цель - сделать приложение, а не тренироваться в кросскомпиляции, то вариантов мало: использовать язык, который предназначен для создания самих по себе кроссплатформенных программ (и снова Java и иже с ним) или компилировать под Windows и не насиловать мозг (причем не факт, что от этого насилия родится что-то хорошее).