А вот как бы не было плохо после того как :
- вы копируете файлы на раздел (снепшот)
- монтируете раздел поверх каталога
(получаете все файлы окрытые остаются в папке, а все что дальше вы открываете - будет уже с раздела)
- меняете настройки всякие пользовательские и они благополучно сохраняются как угодно (либо на раздел либо в каталог - зависит от момента когда файл был открыт)
- перегружаетесь
(получаете только часть настроек исправленными, остальные в состоянии на момент снятия снепшота).
Ну это приблизительно как я вижу сценарий который может привести к каким либо неблагоприятным последствиям.
Само собой - в большинстве случаев такой сценарий системе сильно не навредит, но ведь и незаряженное ружье раз в жизни стрелять не должно....