Только вчера и позавчера копировал свои CD/DVD, на некоторых были ошибки. Для этого, конечно, есть CDCheck, идет под wine, но я пользовался cp:
$ cp -r /источник /назначение 2>errors
При этом файлы, которые не удалось прочитать и скопировать, будут указаны в errors. Как вариант можно 2>/dev/null