В Debian/Ubuntu принято директивы Listen и NameVirtualHost писать в файл конфигурации /etc/apache2/ports.conf, а блоки <VirtualHost></VirtualHost> в каталог /etc/apache2/sites-available по одному файлу на каждый ServerName (сайт) и затем управлять их включением или отключением командами a2endite и a2dissite соответственно, которые создают/удаляют симлинки на конфиг-файлы виртуалхостов в каталоге sites-enabled, на который в свою очередь есть include из главного конфигурационного файла apache2.conf ...