можно выкачать срез репозитория для вашей версии бубунты, завести его на главной (серверной) машине и через source.list подключить к ней клиентские машины. Получается что пакеты выкачиваюся на одну машину, а раздаются на все. Но если у вас школа миллионер и может позволить себе обновление каждой машины с глобала тогда apt-proxy =)
з.ы. сам работаю в институте и в начале года тоже столкнулся с проблемой лицензирования ПО, перевел пока в тестовом режиме один компьютерный кабинет на Ubuntu 10.04, сделал локальный репозиторий и теперь все клиентские машины тянут обновления с преподавательской. Как гворится дешево и сердито. Проблем пока небыло. Если заинтересовало стучите в личку.