Одна сложность -- у кламава нет режима лечения, зараженные файлы он может только удалять.
А классические вирусы (внедряющиеся в тело exe-файлов) сейчас не редкость, тот же Sality.
От большинства троянов может помочь скрипт, находящий Autorun.inf, анализирующий его и удаляющий файлы по его ссылкам. Заодно убивающий под корень "корзину" - которой на флешке не может быть по определению. Еще, в разрезе эпидемии виря stuxnet, имеет смысл убивать все *.lnk - от них на съемных дисках тоже нет толка.