помониторьте CPU I/O wait
Будет время - проверю. А за что вообще оно отвечает?
не уверен что я понимаю всё правильно, но на сколько я разобрался, это модуль ввода/вывода ждёт от устройства(в нашем случае дисковый накопитель, полагаю) каких то сигналов. вот в момент ожидания система вообще не реагирует на устройства ввода/вывода(мышка, клавиатура), процессор хоть и показует низкий load, он простаивает и не выполняет в этот момент никакой полезной работы, так же на момент ожидания (высокий I/O wait) сильно замедляются все дисковые операции (запуск программы если он начался на предверии I/O wait 100% может произойти через минуту или две), когда I/O wait станет ниже.
Опять же повторюсь, может у вас не именно эта проблема! надо смотреть, это я как вариант сказал, если у вас I/O Wait высокий, можете нагуглить массу багов на ланчпаде 2 летней давнсоти которые досихпор не пофиксены