Еще раз суммируем:
1. Есть точка монтирования /home смонтированная на отдельном диске, домашняя директория /home/user, все настроено, все работает
2. Зачесались шаловливые ручонки, переустанавливаем систему. Во время установки в качестве /home указываем тот же диск, ту же fs, диск не форматируем. Также во время установки создаем пользователя с точно таким же именем user.
3. 100% система подхватит домашний каталог первого пользователя, без вариантов.