Надо рыть в параметрах соединения.
Например, при моем pppoe настраивается тут: /etc/ppp/peers/dsl-provider
Там есть параметры:
lcp-echo-interval 30
lcp-echo-failure 4
Поищите по этим параметрам, если их названия назначение не ясно, где-то мне попадалось описание подробное.
Попробовать надо поиграть с ними, чтобы систма не ждала, а "перезванивала". Похоже у Вас вылетает соединение периодически, а Ubuntu надеется и ждет. Под виндой не наблюдалось дисконектов периодических?