В такой же ситуации --- ubuntu 10.04, установленная на XP c помощью wubi, перестала грузиться после обновления ядра до 2.6.32-26 ---
мне помогла загрузка с заранее изготовленной флешки с ubuntu. После этого нормальная работа загрузчика восстановилась, несмотря на то, что я ничего руками для этого не делал.
Я также заметил, что проблема не возникает, если после загрузки нового ядра, но до перезагрузки системы обновить загрузчик (sudo update-grub2).