как будто у Вас упал наутилус, он отвечает за иконки на столе, вроде, ну и папки тоже его.
попробуйте в консоли sudo apt-get install htop, потом его запустить htop и посмотреть, что грузит комп.
Вроде как можно еще sudo sync - точно не знаю, помоему это запись из буфера на диск