если /home не на отдельном разделе, то затрет
(если у тебя есть отдельный раздел, то можно сбекапить все туда, при установке Ubuntu будь внимателен, какие разделы будут форматироваться)
чтобы копировать или перемонтируй или используй
sudo nautilus это самый простой для тебя вариант