А кто сказал, что они должны будут в Network Manager появиться? Вы уж выбирайте или котлеты или колбаса.
Если хотите настраивать и управлять сетевыми интерфесами средствами NM, то файл /etc/network/interfaces должен выглядеть так
auto lo
iface lo inet loopback
И уж ни какой там не pppoeconf.
Для pppoe в NM пользуется отдельный модуль, который по дефолту не устанавливается.