Это точно всё? Я у себя воспроизвёл такую же ситуацию, преднамеренно побив .xpi файл и принудительно указав программу для его открытия. После чего все xpi файлы стали иметь тип application/x-extension-xpi, а поиск выдавал следующее:
mamon@mamon-netbook:/usr/home/mamon/Загрузки$ grep -R application/x-extension-xpi ~/.local/share/mime /usr/share/mime/packages
/home/mamon/.local/share/mime/globs:application/x-extension-xpi:*.xpi
/home/mamon/.local/share/mime/types:application/x-extension-xpi
/home/mamon/.local/share/mime/packages/user-extension-xpi.xml: <mime-type type="application/x-extension-xpi">
/home/mamon/.local/share/mime/application/x-extension-xpi.xml:<mime-type xmlns="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info" type="application/x-extension-xpi">
/home/mamon/.local/share/mime/globs2:50:application/x-extension-xpi:*.xpi
Двоичный файл /home/mamon/.local/share/mime/mime.cache совпадает
Чтобы вернуть всё взад, я удалил все воспоминания о application/x-extension-xpi в этих найденных конфигах и дал команду:
update-mime-database ~/.local/share/mime
после чего нормальные, не битые xpi, снова стали определяться, как application/zip