У меня долгое время была ext3 на одном винте и ext4 - на другом. Нареканий не было. Потом вынес все торренты на сервак, а там FreeBSD у неё ufs2 и опять же - нареканий нет. :)
Имею пару сотен раздач на пару терабайт общего объёма. Размеры файлов самые разнообразные, от 1-2 метра до 10-20 гиг.
Справделивости ради должен заметить, что под Windows на её ntfs тоже с проблемами ни разу не сталкивался.