У меня Ubuntu 10.04 стандартный офис 3.2.0
открываю первый (нормальный) документ делаю изменения сохраняю в текущем формате в другую папку, документ портиться, всё вопросительными знаками. Но если сохранить в нормальный открытый не майкрософтовский формат, то документ сохраняется нормально и не порититься, к тому же в момент сохранения, OOo сам вам намекает сохранить в открытый формат. О том будут ли проблемы с MS офисом после этого, не знаю, но если вам требуется синхронизация всего лишь с одним виндовс компьютером то поставе и на него Open Office и проблем быть больше не должно.