ХРюшку для специфичных программ, работающих под виндой вполне можно поставить и рядом с основной убунтой. И запускать ее только для работы в этом софте (или игрушечек).
Лично у меня рядом валяется нетбук с хрюшей, на котором работают и винбоксы и апменеджеры и смартутилы длинковские - с ним я по объектам хожу. А на рабочем буке и на большом брате Ubuntu для работы. На десктопе еще виртуалбокс стоит с виндой для "иногда поиграцца в ксс".