создай файл
gedit ~/.local/share/mime/packages/user-extension-nthwad.xml
туда напиши
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<mime-info xmlns="http://www.freedesktop.org/standards/shared-mime-info">
<mime-type type="application/vnd.nth">
<comment>Nth file</comment>
<glob pattern="*.nth"/>
</mime-type>
<mime-type type="application/vnd.wad">
<comment>Wad file</comment>
<glob pattern="*.wad"/>
</mime-type>
</mime-info>
потом
update-mime-database ~/.local/share/mime
иконки назови gnome-mime-application-vnd.wad.png и gnome-mime-application-vnd.nth.png
положи их в свою тему иконок
потом
cd ~/.icons
gtk-update-icon-cache <название темы иконок>