Есть всякие record_my_desktop, специально под это заточенные.
Но если вы "настааааиваeтe!" (ц), тогда что-то наподобие нижеследующего (взято из man ffmpeg):
ffmpeg -f oss -i /dev/dsp -f x11grab -s cif -i :0.0 /tmp/out.mpg
UPD:
Хм. Т.е. Ваша-то строка в целом правильная, единственное, что - нет такого файла pulse, микрофон в системе представлен где-то в /dev/
Запустите ffmpeg -formats - посмотрите, есть ли там alsa и x11grab.
Чтобы были в самосборном бинарнике, надо в систему какие-то еще -dev пакеты установить.
Какие именно - можно определить из анализа файла configure. Несмотря на страшное название, FFmpeg не используют autotools, этот файл написан руками, а не сгенерирован, и в нем вполне легко разобраться.
Я ставил ffmpeg из lucid-bleed PPA, у меня оба формата присутствуют.