Наверное дополню своими словами, то что по вышеприведённой ссылке про иерархию было. Некоторые моменты там не были учтены.
/etc - системные конфигурационные файлы
/usr - вторичная иерархия, для прикладных задач.
/usr/bin - для исполняемых бинарников
/usr/sbin - для исполняемых бинарников администрирования системы.
/usr/share - платформонезависимые ресурсы
/usr/lib - разделяемые бинарные библиотеки
/var - для частоизменяемых данных
/var/lib - сюда демоны обычно складывают рабочие данные (базы данных и т.п.)
/var/run - сюда складываются артефакты для межпроцессного взаимодействия (сокеты, pid'ы)
/usr/local (и порой /opt) - третичная иерархия, для локальных программ. На практике, обычно помоится тем, что неподвластно пакетным менеджерам.
т.е. по сути получается, что всё, кроме /var и /home вообще может быть read-only.
решит вопрос удаления. грохнул папку и делов. а не вытравливать по 100500 папок по всей системе.
Этот вопрос должен решать пакетный менеджер.