Было такое. после чистой установки системы и первого же обновления, с последующей перезагрузкой, начиналось бесконечное открытие окошек. Создалось ощущение, что запускаются все возможные программы.
мне показалось, что причина была в следующем: после установки системы, через некоторое время появилось оповещения о готовности к обновлению. в это время я менял локализацию, а затем обновился. и вот после этого началось бесконечное открытие окон программ.
P.S. система Ubuntu 10.10
P.P.S. Сильно не пинайте за бесвязное объяснение, я начинающий Ubutu'вод, уровень деревянный чайник.