И у меня иногда бывает. Как решить - не знаю. Уже .themes убивал - не помогло. Помогает только перегрузить комп или заново выставить тему (и то не всегда). Если вдруг найдешь решение - сообщи, буду благодарен. Уже поднимал эту тему на форуме, вразумительного (а главное - эффективного) ответа не получил.
Иногда бывает и такое: загружается тема, а верхняя рамка окна (это где кнопки управления окном) не появляется. Помогает поменять Компиз на Метасити и наоборот (и то не всегда).