Вот человек подробно описал причины такого бага.
http://askubuntu.com/questions/72451/why-do-some-open-applications-appear-as-question-marks-in-the-unity-launcherВообще, на инглише намного больше можно найти инфы по поводу Ubuntu и не только. Так что советую.
Если переустановки не помогли, то я бы в данном случае нашел файл firefox.desktop, к которому обращается данная иконка и исправил бы в нем одну строчку. Это, конечно, не тру, но главное, что должно сработать.
1. В терминале:
sudo find / -name "firefox.desktop" -print
Если ничего не показало, к firefox можно добавить звездочки. Возможно он по-другому называется.
sudo find / -name "*firefox*.desktop" -print
Скорей всего, его можно найти в /usr/share/applications/ и еще нескольких каталогах.
Find - довольно мощная встроенная утилитка. Вот ссылка для построения команды: http://find.unixpin.com/ru/2. Перед изменением файла, желательно его куда-то скопировать, чтоб был бекап. Открываем текстовым редактором .desktop файл.
Начать можно, например, с /usr/share/applications/. Если нужно открыть рутом, открываем рутом. Если нет, то нет. Если, например, такой файл хранится где-то в домашней директории пользователя, то лучше файл открывать без рута, а то могут начаться проблемы с правами доступа.Находим в нем строчку со словом "Icon" и там можно увидеть путь и иконке. Если написано просто
Firefox, то можно качнуть иконку, поместить в любую папку и вместо
Firefox указать путь к этой иконке.
З.Ы. При обновлении Ubuntu всегда бывают какие-то косяки. Так что проще, наверное, сделать /home отдельным разделом и при появлении новой версии Ubuntu переустанавливать и указывать путь к /home разделу.