1. грузитесь в рабочую вторую систему
2. в консоли пишите sudo mount /dev/sd{a,b,c,1,2,3} - что у Вас там, на чем стоит больная система /mnt
3. в консоли sudo mount -o bind /dev /mnt/dev
4. в консоли sudo mount -o bind /proc /mnt/proc
5. в консоли sudo chroot /mnt /bin/bash
после этого у Вас рут доступ к сломаной системе.
теперь то мы и пишем dpkg --configure -a, что, по идее, должно доустновить недоустановленное, сконфигурировать несконфигурированное.
т.е результирующий листинг:
представим, что больная система стоит на /dev/sda2, тогда код выглядит так:
sudo mount /dev/sda2 /mnt
sudo mount -o bind /proc /mnt/proc
sudo mount -o bind /dev /mnt/dev
sudo chroot /mnt /bin/bash
уже в больной системе в которую чрутнулись
# dpkg --configure -a
но в правильности написанного я не до конца уверен.