1. Синаптик ещё иногда создаёт левый файл, что-то типа wget -czomg.deb вместо wget -c zomg.deb, не помешает проверить
2. В /var/cache/apt/archives ничего кидать не надо, в синаптике есть функция "Добавить закачанные пакеты", где можно указать любой каталог