Если стоит и активирован компиз, то попробуй поискать разгадку в нем. в Разделе "Общие" (General) -> "Настройки" есть такая вкладочка Поведение при развертывании (Focus & Raise Behaviour). В ней пункт "Уровень упреждающей фокусировки" (Focus prevention windows). Выбери в нем "Отключить" и может быть это решит проблему.
Я уже поизучала эту функцию:
Упреждающая фокусировка окон (Focus prevention windows) - эта фишечка не дает только что открытым или вызванным чем-то окнам появляться поверх тех, с которыми вы в данный момент работаете. Уровни поведения этой системы указываются в предыдущей опции. Алгоритма, по которому выбираются окна для фокусировки, как я уже сказала, я не поняла. Какие-то фокусируются, какие-то нет. Если выбрать уровень "Очень высокий", то все новые окна будут появляться позади активного. Если вы когда-нибудь теряли окна, которые должны были появится, но не появились; если при переходе откуда-либо по ссылке закладка в свернутом или неактивном браузере открылась, а сам он не появлялся на переднем плане, знайте - все это проделки этой системы. Если вам не нравятся такие фокусы с окнами, то отключите упреждающую фокусировку.