Можно просто настроить файлсервер, и на всех компах существующих в сети поставить скрипт в пару строчек, который подключит их по ssh к серверу и подмонтирует по ssh их диски в шару самбы, в виде папок %username%.
Зашел на сервер, если в папке %username% ничего нет - значит человек не подключился (нету/забыл/нехочет).