Надо настраивать тот модуль, который грузишь!
Если грузишь rpaf_module, то и настраивать надо его же. Я так с PHP трахался, пока построчно не начал читать весь конфиг. Самое смешное, что mod-php5 нормально работал, правда не потому, что в конфиге прописано, а потому что в mime.types были ссылки. А вот когда php5filter поставил - начались проблемы.
Если даже при убирании IfModule не реагирует, проверяй, что вообще творится между твоими серверами.
tcpdump в руки.
Кстати, в гугл тоже сходить можно. Там по rpaf_module сразу толпа ссылок с аналогичными твоей проблемами вылезает.