Приблизительно порядок действий такой:
Находим приложение Linux DC++ в главном меню
Правая кнопка мыши, пункт меню "добавить на рабочий стол"
Найти полученный ярлык (на самом деле это файл настроек рабочего стола (application/x-desktop) или a xdg-open script text executable file)
Правая кнопка мыши, пункт "свойства"
Копируем команду из поля "команда"
Правая кнопка мыши по файлу, который хотим открыть в Linux DC++
Открыть в программе > Другое приложение
Использовать собственную команду (которую ранее скопировали)
Инструкция для стандартной оболочки Gnome и стандартного меню на панели сверху, может отличаться для различных DE.
По этой инструкции можно попытаться открыть любой файл в любом приложении. Но не факт, что приложение сумеет его открыть.