Удалять можно как при помощи apt-get, так и при помощи Синаптика. Хотя наиболее простой способ - установить Ubuntu Tweak, там есть отдельный пункт, посвященный удалению старых ядер. Я только посоветовал бы не удалять предпоследнее ядро (т.е. оставлять новое и предыдущее), так, на всякий случай. Вдруг с новым будут проблемы.