top обычно выводит строку типа
Cpu(s): 10.7%us, 4.6%sy, 0.0%ni, 83.4%id, 0.8%wa, 0.2%hi, 0.2%si, 0.0%st
Давай её сюда. У меня есть сильное подозрение, что CPU занят непрерываемым вводом-выводом. У меня такое бывает, если что-то очень активно пишется на жёсткий диск или на iPod, и тормоза системы тоже наблюдаются.