Это уже пробовал, не помогает.
Может быть, можно в адресной строке указать, чтобы nautilus использовал прокси при подключении?
Если отключить прокси через network proxy, и использовать прямое подключение к интернету, то всё работет.
/etc/bash.bashrc
export http_proxy=http://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128
export ftp_proxy=ftp://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128
export https_proxy=https://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128
/etc/apt/apt.conf
Acquire::http::proxy "http://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128/";
Acquire::ftp::proxy "ftp://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128/";
Acquire::https::proxy "https://пользователь:пароль@192.168.0.22:3128/";
Может network proxy ещё где-то настройки вносит?
Использую ubuntu 11.04, в 10.10 данной проблемы не было.