sudo aptitude install gjig
GUI-утилита для Debian-based дистрибутивов, позволяющая удалять ставшие ненужными пакеты и делать массу других вещей, легко реализуемых и в консоли.
Кое-что приходится чистить руками: var/cache/apt/archve - если не напутал (копии обновленных пакетов, иногда растет до 1 Гб). Только там одну вложенную папку трогать нельзя, увидите, она там одна, убивать только пакеты (и файл lock лучше оставлять).
В /home копятся thumbnail'ы открываемых при просмотре картинок (смотреть в одноименной папке, включить в наутилусе отображение системных и скрытых файлов/папок).
На форме полно тем про "чистку" системы. Посмотрите, я их проанализировал и сделал себе несколько комбинированных шпаргалок для разного рода задач.
P. S. Форум ПЕРЕНАСЫЩЕН полезной информацией по большинству вопросов, возникающих у новичков, важно лишь грамотно составить поисковый запрос - и все нужное в руках. Собрал так за пару лет громадную папку Linux FAQ))