Никогда не пользовался Evolution, но допустим в том же Thunderbird в настройках указывается оставлять ли копии сообщений на сервере или нет. Я думаю такая настройка есть и в Evolution. Если хочешь вернуть письма обратно на сервер - можешь просто переслать их себе еще раз. Может есть более элегантный способ, я не знаю.
Погугли про POP и IMAP и прозреешь.
Да, есть команда протокола POP3: DELE, она отвечает как раз таки за удаление отмеченных сообщений с сервера после закрытия транзакции, но это никак не поможет ТС, тк он не работает с протоколом POP3 напрямую, за него это делает Evolution.