А еще там написано
post-up iptables-restore </etc/iptables.conf
По сути это и есть /etc/network/if-up.d/ (man interfaces, самое начало), но более наглядно.
Впрочем, все зависит от задач, возможно, если правила необходимо применить при подъеме физического или 802.1q интерфейса, используя его переменные, то можно поднимать скриптом в /etc/network/if-up.d/ или если коммутироуемое соединение (дозвон) в /etc/ppp/ip-up.d/ и очищать правила в /etc/network/if-down.d/ или /etc/ppp/ip-down.d/. Повторюсь, все зависит от поставленной задачи.