Думаю, проще скриптом по алгоритму:
- получаем имя архива из стандартного ввода
- распаковываем архив в отдельную папку (где-нибудь в temp), запоминая оригинальное название и местоположение
- удаляем, что не надо
- запаковываем на исходное место
- удаляем папку
Консольный архиватор должен найтись в пакете epub-utils. Еще надо почитать man по нему, может он может сам удалять из архива файлы, при задании соотв. ключа.