Млин, вообще ничего делать не будет. Как выяснил, посмотрев man, на Ubuntu shutdown самопальный, Canonical-овский, в нем опция -F вообще отсутствует. То есть ответа (вообще на вопрос в целом) не знаю.
---
ЗЫ Гугл подсказал, что можно сделать так:
$ sudo touch /forcefsck
и при следующем ребуте должны диски проверяться. Если найдет ошибку fsck теоретически должен попытаться исправить. Пробуй.