Вопрос не в отсутствии репозитория в списке, а в том, были ли вычищены все пакеты, установленные вместе с программой - с того, удалённого, репозитория.
Я бы на Вашем месте снова подключил тот репозиторий, проверил бы удаление всех его пакетов целиком (как я написал) - вместе с настройками.
А потом уже, отключив его, попытался бы ставить снова программу только с основного репозитория.
В любом случае, у Вас уже весьма вероятны конфликты между пакетами после всего того, что Вы делали, - проверьте с помощью aptitude (для неё есть aptitude-gtk, если GUI Вам удобнее).