Можно весь диск с файловыми системами скопировать. Можно только директорию /home, тогда все настройки всех программ, закладки и история в браузере, и т.д... сохранятся, а программы придётся устанавливать заново, но при запуске они будут уже со скопированными настройками. Так нужно ещё или установить твой виск в другой комп и скопировать, или записать, что переносится, на переносной носитель. Для копирования всего диска есть команда dd. Если будете копировать /home, то используйте простое копирование файлов.